La Ley 426/94 “Carta Orgánica del Gobierno Departamental” establece en el Artículo 10- El Gobierno de cada Departamento será ejercido por un Gobernador y por una Junta Departamental, que durarán cinco años en sus funciones. Serán elegidos por el voto directo de los ciudadanos radicados en los respectivos Departamentos, en Comicios coincidentes con las elecciones generales.

La Junta Departamental es un órgano deliberante y normativo que tiene la función principal de apoyar y elaborar leyes que regulen la implementación y control de Planes, Programas y Proyectos ejecutados por el gobierno departamental.

Las sesiones ordinarias son los jueves a las 15:00. En el pleno se presentan los expedientes que han solicitado reconocimiento o renovación de sus comisiones vecinales, Asociaciones de Cooperadoras Escolares, Comités de Agricultores varios, como también las solicitudes de Declaraciones de interés departamental, solicitudes de apoyo departamental a los proyectos, entre otros, de los cuales resultan Ordenanzas y Resoluciones aprobadas por esta Junta.

La Junta Departamental de Cordillera tiene su sede propia en la ciudad de Caacupé, en Avda. Del Maestro casi Independencia Nacional, en el Barrio Loma de esta ciudad.